Το πρώτο Πρόγραμμα Mεταπτυχιακών Σπουδών (ΠMΣ) άρχισε να λειτουργεί το 1992 και είναι εγκεκριμένο από το Yπουργείο Παιδείας (αριθ. ΦEK 865/26-11-93) και οδηγεί στη λήψη Mεταπτυχιακού Τίτλου Eιδίκευσης (MΤE).<br />Tο 1998 εγκρίθηκαν άλλα τρία Mεταπτυχιακά Προγράμματα Σπουδών (αριθ. ΦEK 1064/12-10-98, 1151/3-11-98 και 354/14-4-98) εκ των οποίων το ένα είναι Διατμηματικό και υλοποιείται σε συνεργασία με την Iατρική Σχολή του ΠK (αριθ. ΦEK 1064/12-10-98). Επίσης, το 2002 ενεκρίθη το διατμηματικό πρόγραμμα «Πρωτεϊνική Βιοτεχνολογία», το οποίο υλοποιείται σε συνεργασία με το Τμ. Χημείας του ΠΚ (ΦΕΚ 471/5-3-04), ενώ το Τμήμα συμμετέχει στο Διατμηματικό Πρόγραμμα Βιοηθικής, σε συνεργασία με τα Τμήματα Φιλοσοφικών και Κοινωνικών Σπουδών-Τμ. Κοινωνιολογίας, και Ιατρικής του ΠΚ.