Τα üργανα, που εßναι υπεýθυνα για τις μεταπτυχιακÝς σπουδÝς στο ΤμÞμα Βιολογßας και οι αρμοδιüτητÝς τους καθορßζονται απü το Üρθρο 2, παρ. α-ε του Ν. 3685/2008 (ΓενικÞ ΣυνÝλευση ΕιδικÞς Σýνθεσης (ΓΣΕΣ), ΣυντονιστικÝς ΕπιτροπÝς ΠρογραμμÜτων Μεταπτυχιακþν Σπουδþν (ΠΜΣ) και ΔιευθυντÝς των ΠΜΣ). ΠÝραν αυτþν, η ΕπιτροπÞ Μεταπτυχιακþν Σπουδþν (ΕΜΣ) του ΤμÞματος ορßζεται απü τον Πρüεδρο του ΤμÞματος με αρμοδιüτητα την εξÝταση και εισÞγηση προς αυτüν Þ την ΓΣΕΣ για üλα τα θÝματα που αφοροýν τις μεταπτυχιακÝς σπουδÝς του ΤμÞματος Þ την αντιμετþπιση ειδικþν περιπτþσεων. Στην ΕΜΣ επßσης μετÝχουν εκπρüσωποι των ΜΦ, εκτüς για θÝματα αξιολüγησης ΜΦ. Για θÝματα, που η ΕΜΣ κρßνει üτι απαιτεßται Ýγκριση του TμÞματος, εκτüς απü αυτÜ που καθορßζονται με το Π.Δ. 380/89, εισηγεßται σχετικÜ στη ΓΣΕΣ για λÞψη απüφασης.