Το Διϊδρυματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών στην Περιβαλλοντική Βιολογία εφαρμόζει το Ευρωπαϊκό Σύστημα Μεταφοράς και Συσσώρευσης Πιστωτικών Μονάδων (ECTS) και είναι οργανωμένο σε 3 εξάμηνα. Το 1ο εξάμηνο περιλαμβάνει μαθήματα. Το 2ο και 3ο εξάμηνο περιλαμβάνει την ανάπτυξη, εκτέλεση και αξιολόγηση μεταπτυχιακής ερευνητικής διατριβής.

    Στο πρόγραμμα σπουδών περιλαμβάνεται και η  Ετήσια Συνάντηση Μεταπτυχιακής Έρευνας. Σκοπός της συνάντησης είναι (α) η προαγωγή της επιστημονικής πρακτικής, (β) η εκπαίδευση των Μ.Φ. στην παρουσίαση επιστημονικών εργασιών (Μεταπτυχιακών και Διδακτορικών Διατριβών), (γ) η ενημέρωση των μελών του Δ.Π.Μ.Σ. και των Μ.Φ. για την διεξαγόμενη έρευνα, και (δ) η αξιολόγηση του Δ.Π.Μ.Σ..