Το πρώτο πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) του Τμήματος Βιολογίας του Πανεπιστημίου Κρήτης που οδηγούσε στη λήψη Μεταπτυχιακού Διπλώματος Ειδίκευσης (ΜΔΕ) και Διδακτορικού Διπλώματος, άρχισε να λειτουργεί το 1992 με έγκριση του Υπουργείου Παιδείας (ΦΕΚ 865/26-11-93).

 

Το 1998 εγκρίθηκαν ακόμη τρία Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών:

1.ΠΜΣ ΜΟΡΙΑΚΗ ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΚΑΙ ΒΙΟΤΕΧΝΟΛΟΓΙΑ ΦΥΤΩΝ (Φ.E.K. 354/14-4-98)

2.ΠΜΣ ΠΕΡΙΒΑΛΛΟΝΤΙΚΗ ΒΙΟΛΟΓΙΑ-ΔΙΑΧΕΙΡΙΣΗ ΧΕΡΣΑΙΩΝ &ΘΑΛΑΣΣΙΩΝ ΒΙΟΛΟΓΙΚΩΝ ΠΟΡΩΝ (Φ.E.K. 1151/3-11-98)

3. Διατμηματικό ΠΜΣ ΜΟΡΙΑΚΗ ΒΙΟΛΟΓΙΑ-ΒΙΟΪΑΤΡΙΚΗ σε συνεργασία με την Ιατρική Σχολή του Πανεπιστημίου Κρήτης (Φ.E.K. 1064/Β’/12-10-98).

 

Το 2002 εγκρίθηκε και το διατμηματικό πρόγραμμα μεταπτυχιακών σπουδών ΠΡΩΤΕΪΝΙΚΗ ΒΙΟΤΕΧΝΟΛΟΓΙΑ σε συνεργασία με το Τμήμα Χημείας του Πανεπιστημίου Κρήτης (Φ.Ε.Κ. 471/Β’/4-3-04).

Επίσης το Τμήμα Βιολογίας συμμετέχει από το 2003 στο διατμηματικό ΠΜΣ Βιοηθική το οποίο διενεργείται σε συνεργασία με τα Τμήματα Φιλοσοφικών και Κοινωνικών Σπουδών, Κοινωνιολογίας και Ιατρικής Σχολής του Πανεπιστημίου Κρήτης.

Το 2016 εγκρίθηκε κοινό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών στο πλαίσιο του προγράμματος Erasmus plus του Τμήματος Βιολογίας του Πανεπιστημίου Κρήτης σε συνεργασία με το Πανεπιστήμιο Highlands and Islands (Ηνωμένο Βασίλειο) και το Universite de Nantes (Γαλλία), με τίτλο «Υδατοκαλλιέργειες, Περιβάλλον και Κοινωνία/Aquaculture, Environment and Society» (ΦΕΚ 635/9-3-2016).

Σήμερα στο Τμήμα Βιολογίας του Πανεπιστημίου Κρήτης λειτουργούν τα παρακάτω προγράμματα μεταπτυχιακών σπουδών: